Der Kommandantenbau
Zur Stadt hin ragt der über dem Westeingang errichtete Kommandantenbau auf. Er wurde 1696 unter dem Mainzer Kurfürsten Lothar Franz von Schönborn errichtet und diente dem jeweiligen Festungskommandanten als Dienstsitz. Der Bau besteht aus drei Flügel und ebenso vielen Stockwerken. Ein große Terrasse liegt zwischen den Flügeln. Gekrönt wird das rot-weiß gestrichene Gebäude von einem "Mansarddach" - dem ersten in Mainz überhaupt. 1833 wurde zwar noch ein zusätzliches Stockwerk draufgesetzt und so das Mansarddach zerstört, aber die französische Besatzungsmacht ließ es nach dem 2. Weltkrieg wieder in den ursprünglichen Zustand versetzen.
Toranlage
Unter dem Kommandantenbau liegt die um 1660 errichtete Toranlage, durch die heute die meisten Besucher in die Zitadelle gelangen. Früher direkt unter dem Wall hindurchgehend, wurde sie beim Bau des Kommandantenbaus in diesen integriert.
Zur Stadt hin steht das vom italienischen Architekten Antonio Petrini geschaffene barocke Tor. Seine Eigenart waren die hervorkragenden Sandsteine, die den Charakter des Wehrbaus verstärken sollten und die Schrecken erregende "Steinfratze". Oben im Giebelfeld halten zwei Löwen das Wappen des Kurfürsten Johann Philipp von Schönborn, dem Bauherr der Zitadelle. Es zeigt in vier Feldern das doppelte Mainzer Rad, der Rechen des Herzogtums Franken und die Fahne für das Bistum Würzburg. Über diese Gebiete herrschte Johann Philipp um 1660. In der Mitte prangt als Herzschild das Familienwappen von Johann Philipp von Schönborn: ein Löwe, der über den fränkischen Rechen läuft. Der schönborn'sche Löwe besitzt im übrigen bei näherem Hinsehen zwei Schwänze. Warum dies so ist, ist bis heute ungeklärt.
Auf dem Torgiebel steht die Figur des heiligen Jakobus. Sie erinnert an das um 1050 errichtete Benediktinerkloster St. Jakob, das bis 1793 innerhalb der Zitadelle weiterxistierte.
An die ehemals vorhandene Zugbrücke erinnern die Führungsrollen links und rechts des Torbogens. Betritt der Besucher den Torgang fällt ihm gleich der eigenartige Knick auf: er ermöglichte es einen eindringenden Feind frontal unter Feuer zu nehmen und nicht nur von der Seite her, wie es bei einem geraden Gang der Fall gewesen wäre. Ein Fallgitter und ein Loch, aus dem man Unrat über die Eindringlinge kippen konnte, dienten als zusätzliche Sicherung. Sie verloren aber ihre Funktion als über der Toranlage der Kommandantenbau errichtet wurde.
Inschriften im Tordurchgang
Im Tordurchgang findet man auch zwei Steine mit Inschriften. Beide wurden wohl erst nachträglich an diese Stelle versetzt. Der kleinere Stein benennt den Erbauer und ersten Burgvogt der Zitadelle: Adolph von Waldenburg.
Der größere Stein trägt das Wappen des Kurfürsten Georg Friedrich v. Greiffenklau zu Vollrads (rechts) - unter dem 1629 die Schweickhardtsburg fertig gestellt wurde - und das Wappen des Mainzer Domkapitels (links). Unter den beiden Wappen befindet sich der Schild von Adolph von Waldenburg.
Die Inschriften neben den Wappen lauten:
Wappen / der Erbauer und / des 1. Burgvogts / der ehem. / Schweickhardsburg / vollendet 1629.
Schweickhardsburg / umgebaut / zur heutigen / Citadelle in den Jahren / 1659 bis 1660.
Hofseite
Auf der Hofseite des Kommandantebaus befindet sich eine Sonnenuhr mit der lateinischen Inschrift "Hora non numero nisi serenas" (wörtl. übersetzt: Ich zähle nicht die Stunden, wenn nicht die Heiteren). Die Sonnenuhr ist allerdings modernen Ursprungs.
Das Hauptportal auf der Hofseite trägt im Giebel ein Wappen, das wahrscheinlich von den Franzosen zerstört wurde. Auf der Seite zur Bastion Germanicus hin wurde 1912 ein Portal des ehem. Benediktinerklosters St. Jakob eingebaut.